企業版ふるさと納税のデメリットは、その視点によって異なってきます。
わかりやすく解説すると以下になります。

１．金銭面でキャッシュアウトが増える

1,000万円の寄付をした場合、条件を満たせば、税額控除を含め9割の軽減効果を得ることが可能ですが、結果的に100万円のキャッシュアウトというマイナスになります。

２．返礼品がない

「ふるさと納税」という用語は、お肉や米などお得な返礼品がもらえるイメージが付いています。
しかし、「企業版ふるさと納税」は、返礼品がもらえません。
そういった意味では、想像される言葉から損した気分になるというイメージでは、広義な意味でデメリットかもしれません。

３．寄付先を探すのが大変（見つけるまで）

自治体から国への申請の簡易化（包括申請）されたため、それぞれの事業が具体的ではなくなり、何をしようとしているか、考えているかまで一般的には分かりにくい。

４．寄付するのに調整が大変（寄付すると決めた後）

個人版のふるさと納税のように「サイトでものを選んでクレジットカードで払って終わり」というわけではなく、その前後での調整も個人版と比較にならないくらい大変です。
プロジェクトの進捗状況や自治体の状況（タイミングによっては、受け入れのための基金があるか？）など、自治体側も確認や調整に時間を要します。